上市公司股权协议转让定价的确定方法：

1.股东协议转让上市公司股份的价格应当以上市公司股份转让信息公告日(经批准不须公开股份转让信息的，以股份转让协议签署日为准，下同)前30个交易日的每日加权平均价格算术平均值为基础确定;确需折价的，其最低价格不得低于该算术平均值的90%。

2.存在下列特殊情形的，股东协议转让上市公司股份的价格按以下原则分别确定：

(1)股东为实施资源整合或重组上市公司，并在其所持上市公司股份转让完成后全部回购上市公司主业资产的，股份转让价格由国有股东根据中介机构出具的该上市公司股票价格的合理估值结果确定。

(2)国有及国有控股企业为实施国有资源整合或资产重组，在其内部进行协议转让且其拥有的上市公司权益和上市公司中的国有权益并不因此减少的，找法网提醒您，股份转让价格应当根据上市公司股票的每股净资产值、净资产收益率、合理的市盈率等因素合理确定。

二、上市公司股权转让的流程是怎样的

上市公司股权转让的流程有：

1.公开发行的证券，在依法设立的证券交易所上市交易；

2.采用公开的集中交易方式或者国务院证券监督管理机构批准的其他方式；

3.签订转让协议；

4.办理交割手续。

三、上市公司股权协议转让的优点

上市公司股权协议转让的优点：

1.转让条件较灵活。协议转让的受让方可以与转让方平等协商，在协议中自行确定转让价格、支付方式、支付时间等，而无须遵守价格优先、时间优先等证交所交易规则。

2.信息披露义务较轻。

3.转让成本较低。

4.转让较易成功。

5.当股份转让涉及上市公司控制权变更时，竞价转让和协议转让实际是上市公司的敌意收购与友好收购，后者无疑有利于避免被收购公司管理层采取反收购行动，股份转让也更易成功。